1、要兼顾建设投资和运行费用要平衡初次投资和运行费用之间的关系，不能只追求很低的初投资，应进行详尽的评估后选择合理的设计方案。同时主管部门要考虑区域性合理布局，充分考虑建成后利用率，以免造成不必要的浪费。
2、慎重选择设计和施工单位
生物安全实验室的建设是一个复杂的系统工程，没有建设过高级别的生物安全实验室或者对生物安全实验室不甚了解，很难建造出合格的生物安全实验室。目前生物安全实验室建设市场鱼目混杂，在选择设计和施工单位时应慎重。
3、充分考虑各种因素
如北方的一些地区，由于沙尘天气多，往往会造成过滤器生命周期短的现象，在运行过程中需要频繁更换过滤器，如果建设中加装价值较低的粗过滤器可缓解这种状况。
4、排风系统必须加装高效过滤器，不能仅仅采用高空排放。如果简单认为高速排放就是排风管中的风速要超过13m/s，容易造成排风阻力大，达不到要求的排风量，室内很难保持要求的负压，或者排风机压力加大，噪音和电耗也同时加大。
5、要重视工程检测
生物安全实验室竣工后，首先应经过国家授权检测机构的检测，这是很重要的环节。检测内容应包括实验室的严密程度、各个房间之间的负压值、空气气流流向、高效过滤器检漏、洁净度级别、自控系统等多个方面。三级生物安全实验室的建设是一个复杂的系统工程，我国已经出台或即将出台一些生物安全实验室建设的规范和标准，从多个方面规范其设计、建造、检测、验收的整个过程。生物安全实验室的建设也将向着标准化、安全性和实用性的方向发展，为我国的科研医药、生物技术、疾病控制和防疫检疫事业的发展创造良好的环境。