恒温恒湿室经常由于实验时间长，人员多和实验过程中产生一些有害气体，造成空气污浊，对人体不利。为了防止实验室工作人员吸入或咽入一些有毒的、可致病的或毒性不明的化学物质和有机气体，实验室中应有良好的通风，根据专业实验室的需要合理设置通风柜、通风罩或局部通风装置；必要时应设空调。
较多使用通风柜的理化实验室要设置在楼宇的上部，以减少风道所占用的建筑面积，同时尽量减少排风管道长度，原子吸收上吸罩排风经侧墙排放。
每台通风柜采用一套风道系统，避免使用公用风道；为减少室内空调损失，通风柜采用特殊的自然补风结构万向吸气罩排风经侧墙排放。
恒温恒湿实验室要求适宜的温度和湿度。室内的小气候，包括气温、湿度和气流速度等，对在实验室工作的人员和仪器设备有影响。夏季的适宜温度应是18-28℃，冬季为16-20℃，湿度最好在55%（冬季）-75%（夏季）之间。精密仪器室的温度控制18-25℃，湿度60-70%。
经常保持恒温恒湿实验室的清洁是非常重要的。室外大气中的尘埃，借通风换气过程会进入实验室，实验内含尘量过高，空气不净，不但影响检测结果，而且，其微粒落在仪器设备的元件表面上，可能构成障碍，甚至造成短路或其他潜在危险。